《兹山鱼谱》是一部朝鲜王朝（1392～1910）后期的著名文献，是韩国古代最全面和详尽的鱼类学书籍，历史地位很高。电影讲述的就是本书作者的故事。主人公丁若铨年少时，因父亲去京城为官而来到汉阳，接受了阳明学，后又对西学和天主教产生浓厚兴趣，并从事天主教活动。1801年，朝鲜发生了大规模镇压天主教的“辛酉邪狱”，丁若铨三兄弟的命运也发生改变。丁若钟被杀死，丁若铨和丁若镛被流配。来到黑山岛上的丁若铨，安然接受命运，并对这里的海洋生物产生了浓厚兴趣，决定写一本关于海洋生物的书籍。岛上的青年渔夫张昌大一心读圣贤书，想要考取功名，丁若铨与昌大互相协助，一个读书，一个著书。
编导最厉害的能力就是于细微处见大义，这也是韩国历史题材电影最精彩的地方。一部书，三两个人物，可以铺排成一段气韵悠长的苍凉传说。电影根据《兹山鱼谱》序言改编，有真实的历史基础，但也加入大量的虚构情节。一切历史都是当代史。电影有意把丁若铨和张昌大塑造成既为师徒又互为对照的人物。丁若铨，功成名就，宦海沉浮，思想开放，心系苍生；张昌大，底层草民，家徒四壁，忠厚勤恳，渴望改变。丁若铨问，为什么读书。张昌大答，为了活得像样一点。
古代朝鲜和古代中国一样，读圣贤书，考科举，做大官，是底层人突破阶层、向上流动的几乎唯一途径。对书本的崇拜背后都是对成功的期待。电影里经常引用《大学》开篇一句：“大学之道，在明明德，在亲民，在止于至善。” 昌大在昏暗油灯旁，捧着书本，反复诵读的时候，他期待的大概不是“至善”，而是“功名”。读书，书本，知识，被简约为“成功”的代名词。大概都有这样的成长经历：从小学到高中，上学读书都是头等大事，拿名次，得奖状，全家光荣；十年寒窗苦读，终于榜上提名，家里最大的期待就是上大学，当大官，有出息；步入社会，酒文化，茶文化，圈子文化，办公室文化，潜规则，托关系，走门路，难得糊涂，权钱交易，溜须拍马，栽赃陷害，人不为己天诛地灭，人在屋檐下不得不低头，胳膊拧不过大腿，忍一时风平浪静退一步海阔天空，会哭的孩子有奶吃，光脚不怕穿鞋的，这些书上从来没有教过的东西成了生活日常，而且美其名曰“社会大学”“生存智慧”。学的是“真善美”，做的是“假恶丑”，学习知识成为个人利益最大化的高效方式。曾经的手不释卷，早已变成烟不离手酒不离口。
十九世纪初期的朝鲜吏治极为腐败，电影中出现的“黄口充丁（未成年人被算成军丁而征税）”、“白骨征布（死人被列在征税名单上被征军布）”频频上演。权贵阶层高谈阔论，不理世事，胥吏狐假虎威，盘剥百姓。穷苦百姓唯一能抗衡的武器就是自己的生命。这种情况可能发生在任何一个国家任何一个历史时期。没有制度是完美的，“坏”制度下也会有善政，“好”制度里也会有恶行。所有的善恶都是人创造的。
如果你欣然接受，可能就像电影后半段靠学问成名后的昌大，终于看到人生曙光，接受曾经嫌弃他的父亲抛来的橄榄枝，“想抓泥鳅，自己要进泥塘” ，跻身儒林，研究仕途，推杯换盏，卖官鬻爵，鱼肉百姓。你会心安理得，因为这是你艰苦付出应得的回报。如果你坚决拒绝，可能会像电影里的丁氏兄弟，为了心中执着的信念，抛洒热血，蹉跎前途，穷困潦倒，依然不坠青云之志，安贫乐道，笃志躬行。你会光明磊落，因为这是你一直追求的知行合一本真人生。
电影中的丁若铨代表一种理想人物，思想开明，心系苍生，忧国忧民，达则兼济天下，穷则独善其身。他会问昌大：“为什么你们就是负责钓鱼，我们就只是负责吃鱼呢”。东西思想交融和启发使他能跳脱出来，重新思考国家、君臣、人生和学问。他的“离经叛道”注定了不被理解，他的真诚耿直注定了郁郁终身。张昌大实际上完成了两次启蒙。儒家经典和出人头地的梦想，让他精进学问，增益才智，一展身手；西学思想和官场现实，让他明辨是非，回归本心，如梦初醒。
知识是双刃剑，丁若铨和张昌大都靠掌握知识的秘诀一度取得世俗意义上的成功，也因为信赖知识的纯洁不能同流合污而放逐自我。个人面对庞大的国家机器，是无力无能的。他们意识到了，所以他们愿赌服输。
知识改变他们的命运了吗？没有，现实意义上，他们都失败了。知识改变他们的命运了吗？有，命运最终是被他们自己掌握了。知识越多越好吗？鲁迅在《呐喊》的自序中，曾有一段经典的“铁屋子理论”：“假如一间铁屋子，是绝无窗户而万难破毁的，里面有许多熟睡的人们，不久都要闷死了，然而是从昏睡入死灭，并不感到就死的悲哀。现在你大嚷起来，惊起了较为清醒的几个人，使这不幸的少数者来受无可挽救的临终的苦楚，你倒以为对得起他们么？然而几个人既然起来，你不能说决没有毁坏这铁屋的希望。是的，我虽然自有我的确信，然而说到希望，却是不能抹杀的，因为希望是在于将来，决不能以我之必无的证明，来折服了他之所谓可有，于是我终于答应他也做文章了，这便是最初的一篇《狂人日记》。从此以后，便一发而不可收，每写些小说模样的文章，以敷衍朋友们的嘱托，积久了就有了十余篇。”然而最终推动社会变革的不是文化启蒙，批判的武器最终被武器的批判代替。知识“无用”，但还是可爱的。
家居嫂用朴素的语言说：“种子重要，土地也很重要；播种的父亲重要，辛苦怀胎的母亲也很重要；看了这么多书，这些都不懂吗？孩子们得知道母亲多么不容易，男人也得知道自己婆娘多么不容易。”因为捡到一个地球仪，丁若铨借机教导昌大：“那些西洋人，明知道世界是圆的，依然相信天主教。所以我也运用圣礼学接纳了西洋的几何学和修理学。圣礼学和西学绝不会是敌人，而是要一同前进的挚友。”
很多朋友评价这部电影的时候都多少带着遗憾，“这种历史题材本该由我们述说，但这是一部韩国电影。”国产电影确实还有很长的路要走，但文化和题材的所谓归属其实不用过于纠结。人类的文明史已经一万多年，国家和民族只是近二百年的新概念。文化始终是流动的，每个群体都可以采取自己认可的部分接纳吸收，塑造自己的文化。同在东亚儒家文化圈，这部电影水墨画般的气质与民贵君轻的价值观可以说是“中国”的，也可以说是“韩国”的。学习知识本来应该是让我们求同存异，殊途同归，不该用来定高低，别贵贱，分敌友。
导演李濬益接受采访时说：“丁若钟把天主教当作宗教，丁若镛将其作为性理学的补充品吸收，但丁若铨把‘西学’当作哲学来接受,《兹山鱼谱》是其成果之一。”“如果你想轻描淡写地看，那这部电影只是描述丁若铨和弟子昌大的关系，但再深入一步，就会发现价值观念的对抗，这是关于世界观冲突的故事。
丁若铨是以自己的方式接受西学，追求新哲学的人。相反，丁若镛以性理学为基础，接受了部分西学。而昌大是想在现有的秩序下取得成功的人物，因此比起丁若铨，他选择了丁若镛的道路。在此过程中，与老师的观念冲突、思想的碰撞等等，都以电影的方式讲述着。简单远观，你可以享受两人的友谊，如果深入挖掘文本的话，这将成为一部可以从哲学角度思考的电影。”
电影里的丁若铨说“我所期望的是，没有两班和贱民之分，没有嫡子和庶子之分，没有主人和奴隶之分，也不需要君王的那种世道。无论是西学还是圣礼学，只要是美好的都可以用，我运用圣礼学接纳了天主学，但是这个国家，却连一个渺小的我也容不下，这个国家的圣礼学究竟是为了谁。这个国家的主人是圣礼学，还是百姓？”一个绵延了至少两千年也没有完美解答的问题。
韩国电影越来越以民众代言人的身份积极发声。制度上韩国有标准西式民主政治的自信与骄傲，但骨子里也许依然东方色彩浓厚：强烈家国情怀，期待明君贤吏。《兹山鱼谱》用一个非常传统和简朴的故事再一次讨论了人何以安身立命，完美世界也许永远不会到来，但人还是要一代一代继续活下去。“昌大啊，活成不断向上飞的鹤虽也不是坏事，但是即便被泥垢污秽沾染，也选择活得像兹山一样，荒凉黯然却生机勃勃自由惬意，也未尝不是有意义的事啊。
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